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武汉冠状病毒全基因组,2019 nCoV冠状病毒全基因组序列



2019 nCoV冠状病毒全基因组序列在法国首例病例中,2019-nCoV冠状病毒的全基因组序列是在巴斯德研究所(巴黎)使用独特的平台(P2M)制作的,并向所有法国国家参考中心开放。 2020年1月24日,法国卫生部确认了首三例受武汉冠状病毒感染的患者。 2020年1月29日,负责监测法国呼吸道病毒的巴斯德研究所对冠状病毒的整个基因组进行了测序.

称为“ 2019-nCoV”,成为自欧洲流感病毒爆发以来欧洲第一家对该病毒进行测序的机构。暴发。该病毒在巴斯德研究所微生物学互变平台(P2M)上进行了测序,该平台对国家参考中心和世界卫生组织合作中心接收的细菌,病毒,真菌和寄生虫菌株进行了基因组测序,目的是监测传染病。

2019年12月,中国湖北省武汉市爆发了一次病因不明的病毒性肺炎。 2020年1月9日,中国卫生当局和世界卫生组织(WHO)宣布发现一种新型冠状病毒,称为2019-nCoV,该病毒已被确认为引起肺炎病例的媒介。 1月11日至12日的周末,中国当局共享了冠状病毒基因组的全部序列,这是从首批患者的样本中检测到的。

巴斯德研究所呼吸病毒国家参考中心(CNR)主任Sylvie van der Werf解释说:“对病原体的基因组进行测序对于开发特定的诊断测试和确定潜在的治疗选择至关重要。”

2020年1月24日,星期五。法国已确认检测到该病毒1月24日,星期五,清晨,巴斯德研究所收到了3例疑似病例的样本(巴黎2例,波尔多1例)。巴斯德研究所CNR副主任西尔维·比希里尔(Sylvie Behillil)说:“使用这些患者的样本,我们检测到了新型冠状病毒。”

从2020年1月24日星期五开始。在巴斯德研究所对病毒基因组进行测序同一个星期五晚上,科学家们启动了基于样本的病毒基因组测序过程。 CNR准备了用于排序的材料,准备让P2M在下周一立即开始工作。测序运行于周二傍晚完成,科学家利用数据分析获得了法国前三例确诊病例中两个的完整基因组序列。 “这证明了CNR基于病毒测序的分析过程的有效性,” Vincent Enouf继续说道。

2020年1月30日,星期四。巴斯德研究所获取并共享病毒的整个序列P2M平台(请参见下面的插图)目前表现非常出色;产生序列所需的平均时间从三天(紧急情况)到最多十天。在这种情况下,只需三天即可确定整个序列:“我们在星期二至星期三的夜晚进行了数据分析,然后在周三进行了反分析来证实结果,”文森特·埃努夫(Vincent Enouf)解释说。 “整个序列在短短三天内就得到了确认。”

我们可以从中学到什么? “在我们所有的样品中,序列都是相同的。这对夫妇中的一个成员肯定已经污染了另一个,因为该病毒是相同的。”在法国的第一批病例中,有两个分离出的两个完整病毒序列已提交给全球共享所有流感数据倡议(GISAID)平台, 1最初被开发为共享序列并监测流感病毒的遗传进化,这一过程对于确定流感疫苗的组成至关重要。已创建一个特殊的“冠状病毒”选项卡,以便科学界可以共同努力并以更快的速度前进。

“全世界已经获得了大约二十种新的冠状病毒基因组序列,如果将它们与我们的序列进行比较,我们会发现它们都非常接近;分析的病毒没有太多多样性,这表明冠状病毒2019- nCoV不需要突变即可适应和传播。” Vincent Enouf继续说道。巴黎巴斯德研究所呼吸道病毒国家参考中心(CNR)是世卫组织2019-nCoV冠状病毒参考实验室之一。本周,来自CNR的八个人和来自P2M测序平台的两人一直在研究该病毒,并将继续监视法国的疫情。

P2M,一个最新的微生物学双向平台,也向外部CNR开放P2M也可用于外部CNR进行测序。在2019年,它与巴斯德研究所以外的四家CNR合作。该平台对细菌,病毒,寄生虫和真菌进行测序。得益于过去五年(自2015年以来)积累的经验,P2M如今提供了高效的服务,其首次通过成功率(即提供有关整个基因组的全面信息的高质量序列)已超过95个在2019年为%。序列制作最多需要三天(紧急情况)到十天。

在2019年,P2M对约25,000个病原体进行了测序。基因组测序增加了暴发检测的敏感性阈值。巴斯德研究所的科学家及早发现疫情(由同一病原体在短时间内聚集的病例)使流行病学家能够立即开展工作以确定疫情的起源,并与当局协调公共卫生应对工作。